WebサイトとWebアプリの違い
WebサイトとWebアプリの間に明確な線引きはありません。
一般的には、「Webサイト」はwikipediaなどのよくあるホームページ、「アプリ」というとAppleストアで手に入るiphoneアプリのようなものというイメージで、ある程度当たっています。
Webサイトとは？
Webサイトとは、単に情報提供するだけのホームページ、Webページのことを指します。具体例としては、ウィキペディアなどが挙げられます。
Webアプリとは？
「アプリ」「アプリケーション」は英語でapplicationと書きます。applicationの直訳は、「応募、申し込みをすること」となります。「応募」や「申し込み」というのは、ブラウザで閲覧している人が能動的に何か動作（クリック）などをしています。
ですので、Webアプリケーションはブラウザで閲覧している人が能動的に動作をすることができるホームページと解釈することができます。
WebサイトとWebアプリの違いをまとめると？
HTMLやCSSだけで済むようなホームページは「Webサイト」、PHPやPythonのフレームワークを使ってデータのやり取りまでする場合は「Webアプリ」と考えることができます。読者が受け身のものは「Webサイト」、読者が能動的に操作するものは「Webアプリ」ということですね。
Webアプリとネイティブアプリの違いは？
上記とは違うものとして、ネイティブアプリがあります。ネイティブアプリとは、その端末上で直接動作をするアプリケーションのことを指します。具体例として、iPhoneアプリ、Androidアプリ、Windowsアプリ、Macアプリなどがあります。
iphoneアプリだと、アプリをインストールすることで能動的にユーザーが商品の注文をしたりファイルを共有できたりしますので、「能動的」といえます。ウィキペディアのiPhoneアプリの例で考えると、自分の手元のiPhoneにこのウィキペディアアプリをインストールすることで、例えば好きな記事をブックマークに登録したり、シャアしたりすることができます。また新しい記事が投稿されると、iPhoneに通知が来るかもしれません。これらも全てあなたが能動的にしていることなので、「アプリ」ですね。
まとめ
Webサイトは単なる情報提供が目的のシンプルなWebページのこと、Webアプリは複雑な動作を可能にしたWebページのこと、ネイティブアプリはiPhoneアプリ、Androidアプリ、Windowsアプリ、Macアプリのような、その端末上で動くアプリケーションのことを表しています。
WebサイトとWebアプリは異なる概念ですが、WebサイトなのかWebアプリなのか区別がつきにくいWebページもあります。